 |
|
|
|
.. (parent) |
 |
- |
rw-r--r-- |
2,862 |
Bk.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,952 |
Bk_permutations.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
6,601 |
Bk_plot.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,179 |
DendSer.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
3,428 |
FM_index.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
3,394 |
FM_index_R.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,897 |
FM_index_permutation.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,592 |
all.equal.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,554 |
all_couple_rotations_at_k.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
700 |
all_unique.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
766 |
as.dendlist.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,189 |
as.phylo.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
848 |
as_hclust_fixed.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
338 |
assign_dendextend_options.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,990 |
assign_values_to_branches_edgePar.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,632 |
assign_values_to_leaves_edgePar.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,858 |
assign_values_to_leaves_nodePar.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,976 |
assign_values_to_nodes_nodePar.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
791 |
bakers_gamma_for_2_k_matrix.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
4,472 |
branches_attr_by_clusters.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,268 |
branches_attr_by_labels.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,822 |
branches_attr_by_lists.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
3,206 |
circlize_dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,547 |
click_rotate.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,352 |
collapse_branch.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
7,626 |
color_branches.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,533 |
color_labels.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
660 |
color_unique_labels.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
6,500 |
colored_bars.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
7,483 |
colored_dots.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,314 |
common_subtrees_clusters.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,548 |
cor.dendlist.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
913 |
cor_FM_index.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
4,349 |
cor_bakers_gamma.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,337 |
cor_common_nodes.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
4,032 |
cor_cophenetic.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,769 |
count_terminal_nodes.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,909 |
cut_lower_fun.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
6,612 |
cutree-methods.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,167 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
3,146 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,658 |
dend_diff.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
756 |
dendextend-package.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
986 |
dendextend_options.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,890 |
dendlist.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
735 |
depth.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,741 |
dist.dendlist.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
727 |
dist_long.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
998 |
distinct_edges.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,642 |
duplicate_leaf.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
4,139 |
entanglement.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
877 |
fac2num.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,045 |
find_dend.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,577 |
find_dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,302 |
find_k.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,115 |
fix_members_attr.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,023 |
flatten.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
975 |
flip_leaves.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
874 |
get_branches_heights.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,461 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,410 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,613 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,252 |
get_leaves_edgePar.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,061 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,946 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,902 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,086 |
get_root_branches_attr.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,923 |
get_subdendrograms.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,673 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,674 |
has_component_in_attribute.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
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heights_per_k.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
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highlight_branches.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,586 |
highlight_distinct_edges.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
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identify.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,512 |
intersect_trees.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,069 |
is.natural.number.Rd
|
 |
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rw-r--r-- |
698 |
is_null_list.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
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is_some_class.Rd
|
 |
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rw-r--r-- |
3,850 |
khan.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,512 |
labels-assign.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
857 |
labels_cex.Rd
|
 |
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rw-r--r-- |
2,022 |
labels_colors.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
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ladderize.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
757 |
leaf_Colors.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,044 |
lowest_common_branch.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,490 |
match_order_by_labels.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,541 |
match_order_dendrogram_by_old_order.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,551 |
na_locf.Rd
|
 |
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rw-r--r-- |
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nleaves.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,013 |
nnodes.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,952 |
noded_with_condition.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,593 |
order.dendrogram-assign.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
791 |
order.hclust.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,140 |
partition_leaves.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
3,587 |
plot_horiz.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,934 |
prune.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
581 |
prune_common_subtrees.dendlist.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
696 |
prune_leaf.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
867 |
pvclust_edges.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,196 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,902 |
pvclust_show_signif_gradient.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
3,000 |
pvrect2.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
703 |
raise.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
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rank_branches.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
885 |
rank_order.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,117 |
rank_values_with_clusters.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
5,361 |
rect.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
402 |
reexports.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,194 |
reindex_dend.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
785 |
remove_branches_edgePar.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
852 |
remove_leaves_nodePar.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
766 |
remove_nodes_nodePar.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,384 |
rllply.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
4,936 |
rotate.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,314 |
rotate_DendSer.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,527 |
sample.dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,484 |
seriate_dendrogram.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
10,750 |
set.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,797 |
set_labels.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,753 |
shuffle.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,882 |
sort_2_clusters_vectors.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
645 |
sort_dist_mat.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,166 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
12,126 |
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|
 |
- |
rw-r--r-- |
754 |
theme_dendro.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,295 |
unbranch.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,188 |
unclass_dend.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,638 |
untangle.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,235 |
untangle_DendSer.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
2,532 |
untangle_random_search.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
3,282 |
untangle_step_rotate_1side.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
3,642 |
untangle_step_rotate_2side.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
778 |
which_leaf.Rd
|
 |
- |
rw-r--r-- |
1,349 |
which_node.Rd
|