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Folder: SNAPLib
| .. (parent) | ||||
| - | rw-r--r-- | 16,102 | AffineGap.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 17,514 | AffineGap.h | |
| - | rw-r--r-- | 20,942 | AffineGapVectorized.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 44,941 | AffineGapVectorized.h | |
| - | rw-r--r-- | 26,489 | AlignerContext.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,173 | AlignerContext.h | |
| - | rw-r--r-- | 52,844 | AlignerOptions.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,006 | AlignerOptions.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,617 | AlignerStats.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,087 | AlignerStats.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,265 | AlignmentAdjuster.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 671 | AlignmentAdjuster.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,772 | AlignmentResult.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,503 | AlignmentResult.h | |
| - | rw-r--r-- | 827 | ApproximateCounter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 689 | ApproximateCounter.h | |
| - | rw-r--r-- | 125,712 | Bam.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 14,774 | Bam.h | |
| - | rw-r--r-- | 88,521 | BaseAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 16,424 | BaseAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 18,257 | BigAlloc.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,194 | BigAlloc.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,047 | BufferedAsync.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,904 | BufferedAsync.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,118 | ChimericPairedEndAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,623 | ChimericPairedEndAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,931 | CommandProcessor.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 492 | CommandProcessor.h | |
| - | rw-r--r-- | 62,836 | Compat.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 16,050 | Compat.h | |
| - | rw-r--r-- | 86,525 | DataReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,599 | DataReader.h | |
| - | rw-r--r-- | 31,611 | DataWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 8,714 | DataWriter.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,181 | Error.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 412 | Error.h | |
| - | rw-r--r-- | 11,128 | FASTA.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,424 | FASTA.h | |
| - | rw-r--r-- | 21,727 | FASTQ.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,599 | FASTQ.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,828 | FileFormat.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,445 | FixedSizeMap.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,398 | FixedSizeSet.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,459 | FixedSizeVector.h | |
| - | rwxr-xr-x | 1,815 | GenericFile.cpp | |
| - | rwxr-xr-x | 1,678 | GenericFile.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,282 | GenericFile_Blob.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,478 | GenericFile_Blob.h | |
| - | rwxr-xr-x | 8,382 | GenericFile_HDFS.cpp | |
| - | rwxr-xr-x | 2,329 | GenericFile_HDFS.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,500 | GenericFile_map.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 736 | GenericFile_map.h | |
| - | rwxr-xr-x | 1,356 | GenericFile_stdio.cpp | |
| - | rwxr-xr-x | 723 | GenericFile_stdio.h | |
| - | rwxr-xr-x | 18,500 | Genome.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 10,939 | Genome.h | |
| - | rw-r--r-- | 88,586 | GenomeIndex.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,464 | GenomeIndex.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,810 | GzipDataWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,541 | GzipDataWriter.h | |
| - | rwxr-xr-x | 10,444 | HashTable.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,362 | HashTable.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,045 | Histogram.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 985 | Histogram.h | |
| - | rw-r--r-- | 120,622 | IntersectingPairedEndAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 31,112 | IntersectingPairedEndAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 25,369 | LandauVishkin.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 18,101 | LandauVishkin.h | |
| - | rw-r--r-- | 10,061 | MultiInputReadSupplier.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,899 | MultiInputReadSupplier.h | |
| - | rw-r--r-- | 38,292 | PairedAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,876 | PairedAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,177 | PairedEndAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,891 | PairedReadMatcher.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,976 | ParallelTask.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,738 | ParallelTask.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,349 | PriorityQueue.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,425 | ProbabilityDistance.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,167 | ProbabilityDistance.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,652 | RangeSplitter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,763 | RangeSplitter.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,083 | Read.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 38,111 | Read.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,257 | ReadReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 26,626 | ReadSupplierQueue.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,897 | ReadSupplierQueue.h | |
| - | rw-r--r-- | 29,840 | ReadWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 163,037 | SAM.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 19,222 | SAM.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,323 | SNAPLib.vcxproj | |
| - | rw-r--r-- | 11,836 | SNAPLib.vcxproj.filters | |
| - | rw-r--r-- | 887 | Seed.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,172 | Seed.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,867 | SeedSequencer.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 11,473 | SeedSequencer.h | |
| - | rw-r--r-- | 12,965 | SingleAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,155 | SingleAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 43,535 | SortedDataWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,520 | Tables.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,267 | Tables.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,154 | Util.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,885 | Util.h | |
| - | rw-r--r-- | 17,601 | VariableSizeMap.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,176 | VariableSizeVector.h | |
| - | rw-r--r-- | 471 | WindowsFileMapper.h | |
| - | rw-r--r-- | 519 | directions.h | |
| - | rw-r--r-- | 792 | exit.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 369 | exit.h | |
| - | rw-r--r-- | 750 | mapq.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,865 | mapq.h | |
| - | rw-r--r-- | 537 | options.h | |
| - | rw-r--r-- | 286 | stdafx.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,014 | stdafx.h | |
| - | rw-r--r-- | 306 | targetver.h |
