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libmems 1.6.0%2B4725-9
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm, bullseye
  • size: 2,120 kB
  • sloc: cpp: 21,579; ansic: 4,312; xml: 115; makefile: 103; sh: 26

Folder: libMems

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 4,096 HomologyHMM
d d rwxr-xr-x 4,096 dmSML
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- - rw-r--r-- 13,029 AbstractMatch.h
- - rw-r--r-- 78,805 Aligner.cpp
- - rw-r--r-- 11,670 Aligner.h
- - rw-r--r-- 42,389 Backbone.cpp
- - rw-r--r-- 8,161 Backbone.h
- - rw-r--r-- 18,243 ClustalInterface.cpp
- - rw-r--r-- 3,890 ClustalInterface.h
- - rw-r--r-- 26,662 CompactGappedAlignment.h
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- - rw-r--r-- 2,075 DNAFileSML.h
- - rw-r--r-- 1,353 DNAMemorySML.cpp
- - rw-r--r-- 1,905 DNAMemorySML.h
- - rw-r--r-- 5,031 DenseAbstractMatch.h
- - rw-r--r-- 10,891 DistanceMatrix.h
- - rw-r--r-- 20,918 FileSML.cpp
- - rw-r--r-- 4,590 FileSML.h
- - rw-r--r-- 5,777 Files.h
- - rw-r--r-- 2,513 GappedAligner.h
- - rw-r--r-- 2,342 GappedAlignment.cpp
- - rw-r--r-- 8,478 GappedAlignment.h
- - rw-r--r-- 37,195 GreedyBreakpointElimination.cpp
- - rw-r--r-- 29,239 GreedyBreakpointElimination.h
- - rw-r--r-- 9,786 HybridAbstractMatch.h
- - rw-r--r-- 784 Interval.cpp
- - rw-r--r-- 30,049 Interval.h
- - rw-r--r-- 784 IntervalList.cpp
- - rw-r--r-- 27,519 IntervalList.h
- - rw-r--r-- 10,953 Islands.cpp
- - rw-r--r-- 13,712 Islands.h
- - rw-r--r-- 1,825 LCB.h
- - rw-r--r-- 3,368 Makefile.am
- - rw-r--r-- 1,874 MaskedMemHash.cpp
- - rw-r--r-- 1,416 MaskedMemHash.h
- - rw-r--r-- 926 Match.h
- - rw-r--r-- 14,107 MatchFinder.cpp
- - rw-r--r-- 13,449 MatchFinder.h
- - rw-r--r-- 5,630 MatchHashEntry.cpp
- - rw-r--r-- 4,728 MatchHashEntry.h
- - rw-r--r-- 811 MatchList.cpp
- - rw-r--r-- 22,769 MatchList.h
- - rw-r--r-- 4,377 MatchProjectionAdapter.h
- - rw-r--r-- 4,016 Matrix.h
- - rw-r--r-- 9,865 MemHash.cpp
- - rw-r--r-- 7,182 MemHash.h
- - rw-r--r-- 1,543 Memory.h
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- - rw-r--r-- 1,988 MemorySML.h
- - rw-r--r-- 36,300 MuscleInterface.cpp
- - rw-r--r-- 5,235 MuscleInterface.h
- - rw-r--r-- 4,605 NumericMatrix.h
- - rw-r--r-- 3,674 PairwiseMatchAdapter.h
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- - rw-r--r-- 1,013 PairwiseMatchFinder.h
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- - rw-r--r-- 1,976 ParallelMemHash.h
- - rw-r--r-- 118 PhyloTree.cpp
- - rw-r--r-- 10,333 PhyloTree.h
- - rw-r--r-- 146,735 ProgressiveAligner.cpp
- - rw-r--r-- 24,671 ProgressiveAligner.h
- - rwxr-xr-x 1,818 RepeatHash.cpp
- - rwxr-xr-x 1,428 RepeatHash.h
- - rw-r--r-- 1,273 RepeatMatch.cpp
- - rw-r--r-- 1,453 RepeatMatch.h
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- - rw-r--r-- 2,195 RepeatMatchList.h
- - rw-r--r-- 10,167 Scoring.h
- - rw-r--r-- 9,694 SeedMasks.h
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- - rw-r--r-- 76 SlotAllocator.cpp
- - rw-r--r-- 4,383 SlotAllocator.h
- - rw-r--r-- 23,061 SortedMerList.cpp
- - rw-r--r-- 12,250 SortedMerList.h
- - rw-r--r-- 7,625 SparseAbstractMatch.h
- - rw-r--r-- 3,100 SubstitutionMatrix.h
- - rw-r--r-- 2,841 SuperInterval.cpp
- - rw-r--r-- 1,879 SuperInterval.h
- - rw-r--r-- 4,590 TreeUtilities.h
- - rw-r--r-- 7,254 UngappedLocalAlignment.h
- - rw-r--r-- 1,214 configuration.h
- - rw-r--r-- 39,602 gnAlignedSequences.cpp
- - rw-r--r-- 13,038 gnAlignedSequences.h
- - rw-r--r-- 7,484 gnRAWSequence.h
- - rw-r--r-- 6,999 twister.c
- - rw-r--r-- 309 twister.h