package info (click to toggle)
arb 6.0.2-1%2Bdeb8u1
  • links: PTS, VCS
  • area: non-free
  • in suites: jessie
  • size: 65,916 kB
  • ctags: 53,258
  • sloc: ansic: 394,903; cpp: 250,252; makefile: 19,620; sh: 15,878; perl: 10,461; fortran: 6,019; ruby: 683; xml: 503; python: 53; awk: 32

Folder: oldhelp

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 42 prompt
- - rw-r--r-- 925 FAQS.hlp
- - rw-r--r-- 493 FORM.hlp
- - rw-r--r-- 188 Makefile
- - rw-r--r-- 954 Protection.hlp
- - rw-r--r-- 23,770 aci.hlp
- - rw-r--r-- 869 acisrt.hlp
- - rw-r--r-- 2,409 ad_align.hlp
- - rw-r--r-- 1,127 ad_extended.hlp
- - rw-r--r-- 1,188 alignment.hlp
- - rw-r--r-- 1,257 ap_stack.hlp
- - rw-r--r-- 5,294 arb.hlp
- - rw-r--r-- 322,518 arb.pdf.gz
- - rw-r--r-- 2,416 arb_commands.hlp
- - rw-r--r-- 8,063 arb_db.hlp
- - rw-r--r-- 1,622 arb_edit4.hlp
- - rw-r--r-- 3,933 arb_envar.hlp
- - rw-r--r-- 2,291 arb_export.hlp
- - rw-r--r-- 1,302 arb_export_nds.hlp
- - rw-r--r-- 593 arb_gde.hlp
- - rw-r--r-- 3,391 arb_import.hlp
- - rw-r--r-- 2,021 arb_intro.hlp
- - rw-r--r-- 1,530 arb_merge.hlp
- - rw-r--r-- 660 arb_merge_into.hlp
- - rw-r--r-- 674 arb_merge_outof.hlp
- - rw-r--r-- 2,441 arb_merge_workflow.hlp
- - rw-r--r-- 5,438 arb_ntree.hlp
- - rw-r--r-- 3,245 arb_pars.hlp
- - rw-r--r-- 1,391 arb_pars_init.hlp
- - rw-r--r-- 883 arb_secedit.hlp
- - rw-r--r-- 847 asciiprint.hlp
- - rw-r--r-- 2,541 awt_csp.hlp
- - rw-r--r-- 885 bonds.hlp
- - rw-r--r-- 1,362 bootstrap.hlp
- - rw-r--r-- 6,236 branch_analysis.hlp
- - rw-r--r-- 675 checkfield.hlp
- - rw-r--r-- 3,136 chimera_check.hlp
- - rw-r--r-- 2,647 cluster_group.hlp
- - rw-r--r-- 976 color.hlp
- - rw-r--r-- 1,598 color_props.hlp
- - rw-r--r-- 773 color_props_groups.hlp
- - rw-r--r-- 917 colorize.hlp
- - rw-r--r-- 3,287 concatenate.hlp
- - rw-r--r-- 1,653 configuration.hlp
- - rw-r--r-- 1,323 configurations.hlp
- - rw-r--r-- 11,966 consense_algo.hlp
- - rw-r--r-- 896 consense_tree.hlp
- - rw-r--r-- 1,200 consensus.hlp
- - rw-r--r-- 3,970 consensus.ps.gz
- - rw-r--r-- 2,892 consensus_def.hlp
- - rw-r--r-- 1,032 count_chars.hlp
- - rw-r--r-- 2,562 csp_2_gnuplot.hlp
- - rw-r--r-- 1,089 del_list.hlp
- - rw-r--r-- 6,739 di_clusters.hlp
- - rw-r--r-- 7,549 dist.hlp
- - rw-r--r-- 6,916 dssp_ift.hlp
- - rw-r--r-- 10,859 e4.hlp
- - rw-r--r-- 2,412 e4_block.hlp
- - rw-r--r-- 683 e4_consensus.hlp
- - rw-r--r-- 1,139 e4_modsai.hlp
- - rw-r--r-- 3,015 e4_options.hlp
- - rw-r--r-- 897 e4_replace.hlp
- - rw-r--r-- 2,885 e4_search.hlp
- - rw-r--r-- 632 ebi_ift.hlp
- - rw-r--r-- 1,665 ecoliref.hlp
- - rw-r--r-- 1,692 ed4_nds.hlp
- - rw-r--r-- 1,182 exec_bug.hlp
- - rw-r--r-- 2,043 export_format.hlp
- - rw-r--r-- 1,295 extended.hlp
- - rw-r--r-- 5,238 faligner.hlp
- - rw-r--r-- 942 fasta_ift.hlp
- - rw-r--r-- 760 gde_flat_ift.hlp
- - rw-r--r-- 12,529 gde_menus.hlp
- - rw-r--r-- 2,134 gen_create.hlp
- - rw-r--r-- 1,082 gene_extract.hlp
- - rw-r--r-- 564 gene_hide.hlp
- - rw-r--r-- 7,202 gene_info.hlp
- - rw-r--r-- 584 gene_map.hlp
- - rw-r--r-- 731 gene_mark.hlp
- - rw-r--r-- 724 gene_mode.hlp
- - rw-r--r-- 637 gene_options.hlp
- - rw-r--r-- 1,693 gene_search.hlp
- - rw-r--r-- 1,247 gene_species.hlp
- - rw-r--r-- 2,023 gene_species_field_transfer.hlp
- - rw-r--r-- 876 gene_species_mark.hlp
- - rw-r--r-- 1,248 genes.hlp
- - rw-r--r-- 3,419 glossary.hlp
- - rw-r--r-- 3,326 helix.hlp
- - rw-r--r-- 1,469 helixsym.hlp
- - rw-r--r-- 4,685 help.hlp
- - rw-r--r-- 7,280 importift.hlp
- - rw-r--r-- 1,017 input_mask.hlp
- - rw-r--r-- 6,791 input_mask_format.hlp
- - rw-r--r-- 1,659 input_mask_new.hlp
- - rw-r--r-- 994 insdel.hlp
- - rw-r--r-- 525 insdel_sai.hlp
- - rw-r--r-- 766 islandhopping.hlp
- - rw-r--r-- 744 iupac-codes.hlp
- - rw-r--r-- 3,716 macro.hlp
- - rw-r--r-- 2,504 man_arb_edit4.hlp
- - rw-r--r-- 361 manual.hlp
- - rw-r--r-- 1,387 mark.hlp
- - rw-r--r-- 664 mark_duplicates.hlp
- - rw-r--r-- 1,029 mark_genes.hlp
- - rw-r--r-- 671 mark_list.hlp
- - rw-r--r-- 1,979 markbyref.hlp
- - rw-r--r-- 776 markcolor.hlp
- - rw-r--r-- 981 matrix_settings.hlp
- - rw-r--r-- 1,376 max_freq.hlp
- - rw-r--r-- 1,257 merge_species.hlp
- - rw-r--r-- 1,267 mg_alignment.hlp
- - rw-r--r-- 1,192 mg_configs.hlp
- - rw-r--r-- 1,122 mg_extendeds.hlp
- - rw-r--r-- 3,085 mg_names.hlp
- - rw-r--r-- 2,637 mg_preserve.hlp
- - rw-r--r-- 1,343 mg_spec_sel_field.hlp
- - rw-r--r-- 4,318 mg_species.hlp
- - rw-r--r-- 1,399 mg_trees.hlp
- - rw-r--r-- 1,265 missbase.hlp
- - rw-r--r-- 3,533 mod_field_list.hlp
- - rw-r--r-- 1,856 mode.hlp
- - rw-r--r-- 1,578 mode_group.hlp
- - rw-r--r-- 1,482 mode_info.hlp
- - rw-r--r-- 913 mode_kernlin.hlp
- - rw-r--r-- 2,460 mode_length.hlp
- - rw-r--r-- 1,489 mode_lzoom.hlp
- - rw-r--r-- 1,263 mode_mark.hlp
- - rw-r--r-- 1,598 mode_move.hlp
- - rw-r--r-- 941 mode_nni.hlp
- - rw-r--r-- 939 mode_optimize.hlp
- - rw-r--r-- 1,703 mode_pzoom.hlp
- - rw-r--r-- 1,038 mode_rotate.hlp
- - rw-r--r-- 726 mode_select.hlp
- - rw-r--r-- 1,188 mode_setroot.hlp
- - rw-r--r-- 1,243 mode_spread.hlp
- - rw-r--r-- 1,193 mode_swap.hlp
- - rw-r--r-- 1,540 mode_width.hlp
- - rw-r--r-- 611 mode_www.hlp
- - rw-r--r-- 1,230 mp_params.hlp
- - rw-r--r-- 4,408 multifurcate.hlp
- - rw-r--r-- 4,464 multiprobe.hlp
- - rw-r--r-- 924 multiproberesults.hlp
- - rw-r--r-- 4,048 namesadmin.hlp
- - rw-r--r-- 1,605 ne_align_seq.hlp
- - rw-r--r-- 1,012 nekey_map.hlp
- - rw-r--r-- 1,242 newwindow.hlp
- - rw-r--r-- 2,255 next_neighbours.hlp
- - rw-r--r-- 7,679 next_neighbours_common.hlp
- - rw-r--r-- 1,706 next_neighbours_listed.hlp
- - rw-r--r-- 2,502 no_tree.hlp
- - rw-r--r-- 886 nt_align_select.hlp
- - rw-r--r-- 2,035 nt_keys.hlp
- - rw-r--r-- 942 nt_props_data.hlp
- - rw-r--r-- 1,042 nt_tree_select.hlp
- - rw-r--r-- 1,856 nt_tree_settings.hlp
- - rw-r--r-- 1,441 optimize.hlp
- - rw-r--r-- 778 organism_mark.hlp
- - rw-r--r-- 1,099 organisms.hlp
- - rw-r--r-- 1,028 pa_add.hlp
- - rw-r--r-- 1,039 pa_add_sel.hlp
- - rw-r--r-- 1,916 pa_bootstrap.hlp
- - rw-r--r-- 3,545 pa_branchlengths.hlp
- - rw-r--r-- 591 pa_optimizer.hlp
- - rw-r--r-- 1,139 pa_partial.hlp
- - rw-r--r-- 1,133 pa_quick.hlp
- - rw-r--r-- 1,127 pa_quick_sel.hlp
- - rw-r--r-- 1,652 pars.hlp
- - rw-r--r-- 1,078 partial_sequences.hlp
- - rw-r--r-- 1,226 pd_spec_param.hlp
- - rw-r--r-- 4,194 pfold.hlp
- - rw-r--r-- 4,964 pfold_props.hlp
- - rw-r--r-- 1,547 pfold_sai.hlp
- - rw-r--r-- 490 ph_export_markerline.hlp
- - rw-r--r-- 5,912 phyl.hlp
- - rw-r--r-- 4,686 phylo.hlp
- - rw-r--r-- 1,574 pm_spec_param.hlp
- - rw-r--r-- 1,701 pos_var_pars.hlp
- - rw-r--r-- 985 primer.hlp
- - rw-r--r-- 1,212 primer_new.hlp
- - rw-r--r-- 2,100 primer_parameters.hlp
- - rw-r--r-- 3,644 probe_param.hlp
- - rw-r--r-- 2,067 probeadmin.hlp
- - rw-r--r-- 3,111 probedesign.hlp
- - rw-r--r-- 2,587 probedesignresult.hlp
- - rw-r--r-- 4,450 probematch.hlp
- - rw-r--r-- 1,212 props_frame.hlp
- - rw-r--r-- 3,156 props_nds.hlp
- - rw-r--r-- 1,527 props_www.hlp
- - rw-r--r-- 2,870 proteinViewer.hlp
- - rw-r--r-- 5,524 pt_server.hlp
- - rw-r--r-- 679 quit.hlp
- - rw-r--r-- 549 rdp_ift.hlp
- - rw-r--r-- 2,797 realign_dna.hlp
- - rw-r--r-- 6,541 reg.hlp
- - rw-r--r-- 2,072 rename.hlp
- - rw-r--r-- 1,557 resortbyother.hlp
- - rw-r--r-- 1,462 resorttree.hlp
- - rw-r--r-- 2,529 rna3d_dispBases.hlp
- - rw-r--r-- 2,765 rna3d_dispHelices.hlp
- - rw-r--r-- 2,947 rna3d_dispMolecule.hlp
- - rw-r--r-- 2,088 rna3d_general.hlp
- - rw-r--r-- 266,116 rna3d_manual.pdf.gz
- - rw-r--r-- 6,760 rna3d_mapSeqData.hlp
- - rw-r--r-- 880 rst_log_zoom.hlp
- - rw-r--r-- 803 rst_phys_zoom.hlp
- - rw-r--r-- 2,062 saiProbeHelp.hlp
- - rw-r--r-- 1,888 save.hlp
- - rw-r--r-- 1,170 save_matrix.hlp
- - rw-r--r-- 1,102 saveas.hlp
- - rw-r--r-- 1,732 savedef.hlp
- - rw-r--r-- 1,228 scandb.hlp
- - rw-r--r-- 1,311 search_duplicates.hlp
- - rw-r--r-- 2,391 search_equal_fields.hlp
- - rw-r--r-- 5,359 searching.hlp
- - rw-r--r-- 1,176 sec_display.hlp
- - rw-r--r-- 1,448 sec_keys.hlp
- - rw-r--r-- 847 sec_main.hlp
- - rw-r--r-- 2,140 sec_mode.hlp
- - rw-r--r-- 642 sec_props.hlp
- - rw-r--r-- 747 secedit_imexport.hlp
- - rw-r--r-- 1,147 security.hlp
- - rw-r--r-- 1,126 sel_box.hlp
- - rw-r--r-- 2,423 sel_fil.hlp
- - rw-r--r-- 1,359 sel_spec.hlp
- - rw-r--r-- 1,252 selected.hlp
- - rw-r--r-- 860 selected_gene.hlp
- - rw-r--r-- 3,262 seq_quality.hlp
- - rw-r--r-- 2,477 sequence_colors.hlp
- - rw-r--r-- 1,330 set_color_of_listed.hlp
- - rw-r--r-- 1,106 set_protection.hlp
- - rw-r--r-- 5,677 sina_main.hlp
- - rw-r--r-- 605 sp_count_mrk.hlp
- - rw-r--r-- 799 sp_del_mrkd.hlp
- - rw-r--r-- 5,819 sp_info.hlp
- - rw-r--r-- 1,118 sp_info_locked.hlp
- - rw-r--r-- 2,018 sp_mark.hlp
- - rw-r--r-- 1,854 sp_rename.hlp
- - rw-r--r-- 2,867 sp_search.hlp
- - rw-r--r-- 1,404 sp_sort_fld.hlp
- - rw-r--r-- 814 sp_sort_phyl.hlp
- - rw-r--r-- 744 sp_sp_2_ext.hlp
- - rw-r--r-- 1,177 spa_copy.hlp
- - rw-r--r-- 785 spa_create.hlp
- - rw-r--r-- 805 spa_delete.hlp
- - rw-r--r-- 1,786 spa_rename.hlp
- - rw-r--r-- 1,406 spaf_convert.hlp
- - rw-r--r-- 877 spaf_create.hlp
- - rw-r--r-- 1,061 spaf_delete.hlp
- - rw-r--r-- 1,616 spaf_reorder.hlp
- - rw-r--r-- 1,565 species.hlp
- - rw-r--r-- 2,103 species_join.hlp
- - rw-r--r-- 3,639 srt.hlp
- - rw-r--r-- 2,609 st_ml.hlp
- - rw-r--r-- 1,923 submission.hlp
- - rw-r--r-- 1,412 tags.hlp
- - rw-r--r-- 1,019 tbl_boot2len.hlp
- - rw-r--r-- 678 tbl_justify.hlp
- - rw-r--r-- 574 tbl_reset.hlp
- - rw-r--r-- 929 tbl_scale.hlp
- - rw-r--r-- 811 tgroupall.hlp
- - rw-r--r-- 714 tgroupcolor.hlp
- - rw-r--r-- 860 tgroupnmrkd.hlp
- - rw-r--r-- 654 tkeep_mrkd.hlp
- - rw-r--r-- 830 toggle_secinfo.hlp
- - rw-r--r-- 3,080 tr_export.hlp
- - rw-r--r-- 2,129 tr_import.hlp
- - rw-r--r-- 828 tr_jump.hlp
- - rw-r--r-- 955 tr_type_irs.hlp
- - rw-r--r-- 812 tr_type_list.hlp
- - rw-r--r-- 1,045 tr_type_nds.hlp
- - rw-r--r-- 914 tr_type_radial.hlp
- - rw-r--r-- 1,218 track_ali_changes.hlp
- - rw-r--r-- 834 trans_anal.hlp
- - rw-r--r-- 3,585 translate_dna_2_pro.hlp
- - rw-r--r-- 1,781 tree2file.hlp
- - rw-r--r-- 6,655 tree2prt.hlp
- - rw-r--r-- 1,621 tree_cmp.hlp
- - rw-r--r-- 1,303 tree_diff.hlp
- - rw-r--r-- 1,541 treeadm.hlp
- - rw-r--r-- 1,147 trees.hlp
- - rw-r--r-- 1,135 trm_boot.hlp
- - rw-r--r-- 958 trm_del.hlp
- - rw-r--r-- 531 trm_mrkd.hlp
- - rw-r--r-- 560 tungroupall.hlp
- - rw-r--r-- 1,551 undo.hlp
- - rw-r--r-- 7,533 unittest.hlp
- - rw-r--r-- 1,348 universal_ift.hlp
- - rw-r--r-- 627 unmark_list.hlp
- - rw-r--r-- 1,014 user_matrix.hlp
- - rw-r--r-- 3,419 version.hlp
- - rw-r--r-- 3,325 visualizeSAI.hlp
- - rw-r--r-- 774 vn_delete.hlp
- - rw-r--r-- 1,243 vn_import.hlp
- - rw-r--r-- 1,137 vn_search.hlp
- - rw-r--r-- 1,157 vn_suggest.hlp
- - rw-r--r-- 2,120 write_field_list.hlp