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.. (parent) |
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- |
rw-r--r-- |
3,054 |
MutationalPatterns.R
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- |
rw-r--r-- |
2,731 |
S4_class.R
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- |
rw-r--r-- |
4,543 |
bin_mutation_density.R
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- |
rw-r--r-- |
1,182 |
binomial_test.R
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- |
rw-r--r-- |
16,648 |
calculate_lesion_segretation.R
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- |
rw-r--r-- |
12,514 |
check_remove_muttypes.R
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- |
rw-r--r-- |
1,334 |
cluster_signatures.R
|
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- |
rw-r--r-- |
25,738 |
context_potential_damage_analysis.R
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- |
rw-r--r-- |
2,234 |
convert_sigs_to_ref.R
|
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- |
rw-r--r-- |
625 |
cos_sim.R
|
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- |
rw-r--r-- |
2,228 |
cos_sim_matrix.R
|
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- |
rw-r--r-- |
3,289 |
count_dbs_contexts.R
|
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- |
rw-r--r-- |
5,400 |
count_indel_contexts.R
|
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- |
rw-r--r-- |
2,999 |
count_mbs_contexts.R
|
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- |
rw-r--r-- |
20,053 |
determine_regional_similarity.R
|
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- |
rw-r--r-- |
3,576 |
enrichment_depletion_test.R
|
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- |
rw-r--r-- |
4,171 |
extract_signatures.R
|
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- |
rw-r--r-- |
2,714 |
fit_to_signatures.R
|
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- |
rw-r--r-- |
6,850 |
fit_to_signatures_bootstrapped.R
|
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- |
rw-r--r-- |
6,622 |
fit_to_signatures_strict.R
|
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- |
rw-r--r-- |
5,468 |
genomic_distribution.R
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- |
rw-r--r-- |
3,243 |
get_dbs_context.R
|
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- |
rw-r--r-- |
18,549 |
get_indel_context.R
|
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- |
rw-r--r-- |
9,482 |
get_known_signatures.R
|
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- |
rw-r--r-- |
8,827 |
get_mut_type.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,128 |
get_ref_alt.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,241 |
get_sig_start.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,819 |
intersect_with_region.R
|
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- |
rw-r--r-- |
3,245 |
lengthen_mut_matrix.R
|
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- |
rw-r--r-- |
3,300 |
merge_signatures.R
|
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- |
rw-r--r-- |
2,281 |
mut_192_occurrences.R
|
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- |
rw-r--r-- |
2,668 |
mut_96_occurrences.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,480 |
mut_context.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,974 |
mut_matrix.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,672 |
mut_matrix_stranded.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
8,144 |
mut_strand.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
911 |
mut_type.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,759 |
mut_type_occurrences.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
796 |
mutations_from_vcf.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,244 |
plot_192_profile.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,540 |
plot_96_profile.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,965 |
plot_bootstrapped_contribution.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,234 |
plot_compare_dbs.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,069 |
plot_compare_indels.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,639 |
plot_compare_mbs.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
7,117 |
plot_compare_profiles.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,123 |
plot_contribution.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
8,429 |
plot_contribution_heatmap.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,745 |
plot_correlation_bootstrap.R
|
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- |
rw-r--r-- |
8,383 |
plot_cosine_heatmap.R
|
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- |
rw-r--r-- |
3,467 |
plot_dbs_contexts.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,658 |
plot_enrichment_depletion.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,599 |
plot_indel_contexts.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
10,080 |
plot_lesion_segregation.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,824 |
plot_main_dbs_contexts.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,008 |
plot_main_indel_contexts.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,362 |
plot_mbs_contexts.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,548 |
plot_original_vs_reconstructed.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,994 |
plot_profile_heatmap.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,753 |
plot_profile_region.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
8,018 |
plot_rainfall.R
|
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- |
rw-r--r-- |
11,512 |
plot_regional_similarity.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,631 |
plot_river.R
|
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- |
rw-r--r-- |
3,666 |
plot_signature_strand_bias.R
|
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- |
rw-r--r-- |
8,436 |
plot_spectrum.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
10,396 |
plot_spectrum_region.R
|
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- |
rw-r--r-- |
2,925 |
plot_strand.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,775 |
plot_strand_bias.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,206 |
pool_mut_matrix.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
12,478 |
read_vcfs_as_granges.R
|
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- |
rw-r--r-- |
4,173 |
rename_nmf_signatures.R
|
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- |
rw-r--r-- |
5,264 |
signature_potential_damage_analysis.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,450 |
split_muts_region.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,944 |
strand_bias_test.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,592 |
strand_occurrences.R
|
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- |
rw-r--r-- |
6,264 |
strict_refit_backwards_selection_sample.R
|
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- |
rw-r--r-- |
4,144 |
strict_refit_best_subset_selection_sample.R
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- |
rw-r--r-- |
2,047 |
type_context.R
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